本作的故事是发生在《火焰之纹章 苍炎之轨迹》故事的3年之后，故事是从“迪因王国”的某个村落开始的。虽然前次的战争已经过去3年，但是迪因王国依旧是满目疮痍，而由于迪因王国身为战败国失去大部分战力，因此受到山贼的侵扰，而米卡娅正是在这个时候出现并未了救助村庄挺身而出与山贼作战。